گزيد . بعد از مدتى كوتاه با اجازهء پدرش دوباره به عراق رفت و در ماه ذىالحجّه 1240 ه ق به كربلاى معلا رسيد . علمايى بزرگ در عراق زندگى مىكردند . وى در محضر آنان به تحصيل علم پرداخت ، اسامى آنان به شرح زير است : مولانا محمد شريف ، تلميذ صاحب شرح كبير ؛ شيخ مرتضى انصارى ، صاحب رسائل ؛ مولانا شيخ موسى ؛ شيخ على ؛ مولانا شيخ جعفر ، صاحب كاشف الغطاء ؛ سيد مهدى بن سيد على طباطبائى ؛ شيخ المشايخ ؛ صاحب جواهر . وى مدت دوازده سال در آنجا سكونت داشت و هنگامى كه پدرش صفدر شاه براى او نامه نوشت كه به وطن بازگردد صاحب جواهر مانع از بازگشت او شد و از او خواست كه كار تصنيف و تأليف را تمام كند ، بنابراين او كتابهاى متعددى را كه در دست تأليف داشت تمام كرد و صاحب جواهر و سيد مهدى طباطبايى كه از استادان بزرگ بودند ، با عزت و احترام به او اجازهء اجتهاد عطا كردند . وى بعد از دوازده سال به فرخ‌آباد بازگشت و در سال 1252 ه ق همراه با نواب منتظم الدوله حكيم مهدى عليخان وزير نواب سعادت عليخان به لكنهو رفت . سيد على شاه در فقه و اصول يگانهء عصر خويش بود و در زهد و ورع نظير نداشت و در اداى حقوق مردم اعتقاد كامل داشت . تقوا و سخاوت و قناعت از ويژگيهاى خاص او بود . تمام شب نماز مىخواند و هنگام سحر در مسجدى كه در نزديكى قبور والدينش بود عبادت مىكرد . كربلايى محمد خان يكى از تجار اصفهان خواب ديد كه حضرت امام حسين عليه السّلام تشريف‌فرما شدند و در برابر ايشان شخص بزرگى با عمامهء سبز نشسته است . وى مسأله‌اى را از حضرت سؤال كرد ، ايشان فرمودند : از آن سيد بپرس . صبح آن روز مولانا به كلكته آمد و مهمان تاجر مذكور شد . كربلايى محمد خان با ديدن وى ، او را شناخت و با حرمت و عزّت فراوان از او پذيرايى كرد . در سفرى هنگام نماز نزديك شد قافله را براى انجام فريضه نگهداشت ، محل بسيار خطرناكى بود . همراهان مجبور شدند كه از مركبهاى خود پياده شوند و هركس به كار خود مشغول شد . مولانا نيز به انجام فرائض پرداخت . از جنگل صداى شيرى بلند شد . مردم ، هراسناك به بالاى درختها رفتند و از او خواستند كه جان خود را حفظ كند ، اما وى همان‌طور به عبادت مشغول ماند . شير از جنگل بيرون آمد و به نزديك او رسيد ، مولانا گفت شما حيوانات نه مكلف هستيد